Тёрк и Карла возвращаются из медового месяца. В Клинике появляется новый психиатр, доктор Молли Клок (актриса Хизер Грэм). Она быстро находит общий язык с Эллиот, поскольку Джей Ди, Тёрк и Карла временно отдалились от неё. Карла разрешает Тёрку самому выбрать машину для их семьи. В результате он и Джей Ди покупают три скутера.

Доктор Кокс назначает Джей Ди и Эллиот старшими ординаторами, однако из-за проблем во взаимоотношениях им тяжело работать вместе. Кокс и Тёрк озадачены проблемой извлечения большой лампочки из ануса пациента и вынуждены прибегнуть к помощи Уборщика.

Уборщик изменил табличку на двери кабинета Джей Ди и Эллиот, поэтому весь персонал считает, что он — помощник Эллиот. Кокс и Джордан узнают, что формально всё ещё женаты. Это создаёт осложнения в их взаимоотношениях. Кроме того, у Кокса возникает профессиональный конфликт с Молли Клок.

Кокс объясняет Джей Ди, что любой врач за свою практику убил хотя бы одного пациента и тот факт, что действия Джей Ди пока не привели ни к чьей смерти, — вопрос времени. Эллиот хочет добиться для своего пациента - бывшего наркомана пересадки сердца и переживает, когда Молли возражает против этого.

Повествование ведётся от лица Эллиот. Она начинает считать Молли своим наставником, однако после знакомства с её другом у неё возникают сомнения по этому поводу. Их развеивает доктор Кокс. Карла требует, чтобы они с Тёрком ложились спать в одно время. Джей Ди считает, что Кокс подрывает его авторитет среди стажёров.

В город приезжает брат Джей Ди Дэн (актёр Том Каванаж) и сообщает, что их отец скончался. Доктор Кокс испытывает сложности с моральной поддержкой Джей Ди. У Тёрка обнаруживают симптомы диабета, и он старается скрыть это от Карлы. Серия посвящена Джону Риттеру, который скончался в 2003 году. Именно он сыграл в 1 сезоне отца Джей Ди.

Джей Ди негативно воспринимает роман Эллиот и его брата Дэна, который продолжает пребывать в городе после смерти их отца. Кокс и Келсо убеждают Молли, что не в каждом человеке можно найти что-то хорошее. Тёрк использует свой диабет для извлечения выгоды. Точно так же поступает и Карла.

Молли и Джей Ди в одном шаге от постели, но сначала тот должен получить «разрешение» у Эллиот. Ситуация осложняется тем, что Молли собирается уезжать. Кокс должен отработать два дня в скорой помощи вместе с Денис Леммон (актриса Молли Шэннон).

Джей Ди и Кокс должны решить вопрос о том, стоит ли оказывать необязательную помощь отцу Нины Бродерик Джулиана Маргулис, адвоката, которого недолюбливают все врачи. Тёрк издевается над Уборщиком и пытается отвязаться от ипохондрика Кормена. Эллиот не знает, как сказать Дагу, что ему не стоит быть врачом.

Джей Ди не знает, как порвать отношения с Ниной, которая представляет интересы мистера Кормана в деле против Тёрка, и прибегает к помощи Джордан. Эллиот получает пациента-сексиста, который является членом попечительского совета клиники.

Джей Ди пытается уговорить Мюррея Марка (актёр Мэттью Перри) стать донором для его больного отца (актёр Джон Беннетт Перри). Карла и Джордан, несмотря на предупреждения Тёрка, учат Эллиот использовать сексуальность в своих интересах.

Когда Джей Ди читает лекцию молодым людям, желающим стать врачами, речь заходит о лучших моментах в медицинской практике. Каждый из героев вспоминает свой «лучший момент». Одновременно герои пытаются поставить диагноз молодному мужчине, поступившему в больницу в сопровождении десятилетнего сына.

Джей Ди осознаёт, что Эллиот стала лучшим врачом чем он. Тёрк понимает, насколько серьёзным заболеванием является диабет. Уборщик убеждает Эллиот, что участвует в группе, исполняющей песни акапелла и вынужден соревноваться с группой Теда.

В клинику попадает жертва драки в баре и его «ирландский брат». Джей Ди и Тёрк понимают, что их жизнь куда менее насыщена по сравнению с жизнью этого человека. Эллиот и Карла осознают, что в их дружбе возникли проблемы. Кокс делает вазектомию втайне от Джордан. Приглашенные актёры: Колин Фаррелл в роли «брата» больного.

Джей Ди знакомится с Кайли, парень которой, как оказывается, имеет венерическое заболевание. Однако из-за врачебной тайны Джей Ди не может рассказать Кайли об этом. Кокс мечтает посмотреть баскетбольный матч, но вынужден остаться на дежурство в клинике. Уборщик шантажирует его, угрожая сообщить финальный счёт до того, как Кокс сможет посмотреть запись матча.

Во время свидания Кайли и Джей Ди они оказываются в Клинике. В этот момент у одного из пациентов обнаруживается подозрение на атипичную пневмонию, что означает, что весь персонал больницы оказывается на карантине до получения результатов анализов. Кроме них запертыми в Клинике оказываются Джордан и её сестра Дэнни.

Кокс и Келсо спорят о возможности увольнения одного сотрудника клиники, в результате чего Келсо предлагает Коксу самому решить проблему с бюджетом, обойдясь без увольнений. Карла и Тёрк пытаются поддержать романтику своих отношений. В клинику попадает пациент, сценарист сериала «Друзья». Джей Ди фантазирует о том, как бы складывалась жизнь Клиники, если бы они были героями классического ситкома, снимаемого несколькими камерами в присутствии живой публики.

У Джей Ди возникают проблемы в отношениях с Кайли. Тёрк и Карла предлагают Джей Ди съехать. Позже пара осознаёт, что в их отношениях есть проблемы. Кокс обнаруживает, что сын его старого друга страдает аутизмом.

Молли возвращается в Клинику, и Джей Ди расстаётся с Кайли чтобы быть с ней. Карла узнаёт, что Тёрк продолжает общаться со своей бывшей подругой. Кокс и Уборщик спорят о том, сможет ли последний пригласить Эллиот на свидание.

У Карлы и Тёрка проблемы в отношениях, поэтому они временно живут отдельно. Джей Ди пытается спасти Тёрка от депрессии и ведёт его на карнавал. На Кокса поступают жалобы на грубое обращение с пациентами. Келсо решает доказать, что с пациентами можно быть вежливым.

Пытаясь помирить Карлу и Тёрка, Джей Ди напивается вместе с Карлой. В результате они случайно целуются и решают утаить этот инцидент от Тёрка. В клинике Эллиот конфликтует с доктором Келсо по поводу сохранения врачебного профессионализма, столкнувшись с молодым пациентом, страдающим от последствий приёма таблеток для повышения эрекции. Тем временем доктор Кокс, после того как его сын упал с детской горки, пытается найти компромисс: быть ли ему сверхзаботливым отцом или крутым папашей, как он сам того хочет.

Тёрк узнает о том что Джей Ди и Карла поцеловались. Он не знает кого в этом винить и решает играть с ними в молчанку до тех пор, пока не выяснит кто виноват. Доктор Кокс, пытаясь наладить отношения с пациенткой - страдающей эпилепсией девочкой-подростком, просит помощи у Элиот. Уборщика волнует, что все стали неожиданно реагировать на его новую форму.

Джей Ди вынужден столкнуться с природой человеческих отношений, когда в клинику попадает умирающая женщина. В больницу её приносит сосед, Джек. Джек помогает ей осознать что её время пришло. К сожалению её брат придерживается другого мнения, и хочет засудить Джека. Элиот просит у доктора Кокса и Карлы совета, как ей привлечь внимание Джека. У Тёрка возникают проблемы с семейной терапией. Приглашенные актёры: Джош Рэндел в роли Джека и Элен Албертини Доу в роли Бэтти.

Тёрк пытается сдержать свое эго, чтобы убедить Кокса, что он не эгоист, внутри себя после того, как спас жизнь человеку возле палатки с тако. Чтобы не разрушить свои отношения с Джеком, Эллиот заручается поддержкой Джей Ди, который идет с ней вместе на свидание. Тем временем доктор Келсо терроризирует клинику, ездя на своем небольшом мотоцикле по её коридорам, пока не вмешивается Уборщик. Приглашенные актёры: Джош Рэндел в роли Джека.

Джей Ди готовится жить один, все больше разрывая дружбу с Тёрком. Эллиот пытается сделать новую карьеру в другой клинике и это расстраивает Карлу, которая думает, что Эллиот осталась лучше бы в старой клинике, несмотря на близость новой работы. Доктор Кокс пытается предотвратить поступление на работу в клинику Джордан. Приглашенные актёры: Джош Рэндел в роли Джека.